Madlen çikolata, ismini Fransızca kökenli "madeleine" kelimesinden almıştır. Başlangıçta "madeleine", midye kabuğu şeklinde yapılan küçük bir keki ifade etmek için kullanılıyordu. Zamanla bu terim, madalyon şeklindeki çikolatalar için de kullanılmaya başlanmıştır.
Türkçede "madalyon" anlamına da gelen "madeleine" kelimesi, bu çikolataların şekline atıfta bulunur. Rivayete göre, "madeleine" ismi, 18. yüzyılda sürgündeki Polonya kralı Stanislas'ın pastacısı Madeleine Paulmier'e dayanıyor olabilir ya da Fransa Kralı 15. Louis'nin Polonya asıllı eşi tarafından popüler hale getirilmiş olabilir, ancak bu bilgi kesin değildir.
Madlen çikolatanın kalıbının ise ünlü çikolata kalıpçısı Anton Reiche tarafından 1940 yılında İstanbul'a getirildiği ve bu tarihten sonra yaygınlaştığı belirtilmektedir. Dolayısıyla, "madlen çikolata" ismi, hem Fransızca kökenli bir tatlı isminden hem de bu çikolataların karakteristik madalyon şeklinden gelmektedir.